В конце XIX – начале ХХ столетия энтузиасты сибирского садоводства, переселенцы из центральных областей России пытались выращивать в Сибири европейские сорта вишни и их сеянцы. Как и по другим плодовым культурам, эти попытки оказались безуспешными из-за низкой зимостойкости вишни обыкновенной. Использование в селекции самого зимостойкого вида вишни степной обеспечило выведение зимостойких сибирских сортов.
Селекционная работа по вишне ведется в Омском ГАУ, в лаборатории СибНИИСХа, в ЦСБС, в НИИСС, на Новосибирской, Бурятской, Минусинской и Красноярской опытных станциях. До 1985 г. в районированный сортимент Сибири входили рядовые сеянцы степной вишни. В 1974 г. в Алтайском крае был районирован сорт НИИСС Метелица, в 1985 г. районированы 6 сортов (Алтайская Крупная, Алтайская Ласточка, Алтайская Ранняя, Новоалтайская, Обь, Максимовская).
В 1944-1947 гг. А.Д. Тяжельниковым на Новосибирской ЗПЯОС среди сеянцев вишни степной было выделено 11 сортов с массой плодов 1,2-1,6 г (Автономия, Арена, Букетно-кистевая, Десертная, Краса Перелеска, Миртолистная, Находка, Полянская, Сибирячка Тяжельникова, Сладкоплодная, Техническая). Из-за отсутствия в то время технологии вегетативного размножения эти сорта не получили распространения и со временем были утеряны. Та же участь постигла сорта Е.С. Дубейковской (Красноярская ОСП), отборные формы Г.К. Ренард (ОмГАУ), СибНИИСХа и народной селекции.
В Омском аграрном университете С.Г. Сухоцкой под руководством Н.И. Барсукова путем аналитической селекции выведены 4 сорта степной вишни (Вузовская, Иртышская, Памяти Барсукову, Новоселецкая) с массой плодов 1,4-2,0 г, два из них в 2002 г. включены в Госреестр. В ЦСБС М.Н. Саломатовым и В.С. Симагиным выведено 4 сорта вишни степной с массой плодов 1,8-2,3 г (Прозрачная, Ранняя степная, Саломатовская, Сердечко).
В большом объеме селекционная работа по вишне ведется на Алтае в НИИСС. Она была начата в 1937 г. Н.Н. Тихоновым в низкогорье Алтая (в Горно-Алтайске), в 1943 г. была перебазирована в малоснежную горную зону на Чемальский опорный пункт. В Чемале В.С. Путовым выделены отборные формы песчаной вишни с плодами хорошего вкуса. С 1950 г. в НИИСС (в г. Барнауле) А.З. Былдой начаты исследования по отдаленной гибридизации вишни степной с обыкновенной и черемухой Маака. Многоплановая селекционная работа по селекции вишни была развернута в НИИСС с 1961 г. Г.И. Субботиным под руководством М.А. Лисавенко и И.П. Калининой. Одновременно разрабатывалась технология вегетативного размножения этой культуры зелеными черенками. Г.И. Субботиным в 1961-1994 гг. была собрана и изучена большая коллекция сортов вишни обыкновенной и степной, создан обширный гибридный фонд. Методом аналитической селекции среди 34000 сеянцев степной вишни Г.И. Субботиным выделено 7 сортов (0,02 %): Метелица, Обь, Новоалтайская, Алтайская Ласточка, Максимовская, Алтайская Урожайная, Селиверстовская с массой плодов 2,0-3,6 г.
Сорта Алтайская Крупная и Змеиногорская являются спонтанными гибридами вишни обыкновенной. Плоды их вдвое крупнее материнских исходных форм (3,5-4,3 г). Методом отдаленной гибридизации в НИИСС выведено 6 сортов: Алтайская Ранняя, Субботинская, Желанная, Касмалинка, Шадринская, Кристина. Материнскими исходными формами этих сортов являются отборные формы и сорта степной вишни, отцовскими – Владимирская, Маяк, Норд Стар и межвидовые гибриды.
С целью создания морозостойких сортов, устойчивых к выпреванию и коккомикозу, в селекцию со степной вишней Г.И. Субботиным и В.Н. Левандовским вовлечена черемуха Маака и в F1 ими выделен церападус АВЧ-2 – клоновый, вегетативно размножаемый подвой для вишни, устойчивый к коккомикозу. В F2, F3, F4 отобраны формы церападусов со съедобными плодами (без сильной горечи) массой до 2,0 г. Они используются в селекции в качестве источников устойчивости к выпреванию и коккомикозу. С участием церападуса АВЧ-2 выведен сорт Шадринская [Субботинская х АВЧ-2], в геноме которого объединены признаки вишни степной, вишни обыкновенной и черемухи Маака (зимостойкость, устойчивость к выпреванию и коккомикозу).
В НИИСС ведутся исследования по отдаленной гибридизации с использованием спонтанных полиплоидных форм церападусов и методов биотехнологии (культуры in vitro незрелых зародышей, полученных при отдаленных скрещиваниях). В настоящее время в НИИСС по селекции вишни работает группа ученых, в которую входят: цитолог – доктор биологических наук Мочалова О.В. (научный руководитель группы), селекционер и биотехнолог. В Госреестр (2004 г.) включены 10 сибирских сортов вишни, в т.ч. 6 сортов НИИСС (Алтайская Ласточка, Алтайская Ранняя, Желанная, Максимовская, Новоалтайская, Субботинская и клоновый подвой АВЧ-2), 2 сорта ЦСБС (Прозрачная, Ранняя Степная) и 2 сорта ОмГАУ (Вузовская, Иртышская). Десять сортов проходят государственное сортоиспытание.
В Восточной Сибири на Бурятской и Минусинской опытных станциях в небольшом объеме ведется селекция войлочной вишни. На госсортоиспытание приняты 2 первых сорта – Алтана (Бурятской ПЯОС) и Зоренька Минусинская.